Por meio do Centro de Produção de Radiofármacos (CPR), o InsCer desenvolve, produz e distribui medicamentos altamente especializados para o diagnóstico de câncer e, de forma pioneira, para o diagnóstico de Doença de Alzheimer. Esses radiofármacos são enviados para toda a região Sul do Brasil e alguns grandes polos do país, como São Paulo e Rio de Janeiro, além da utilização para os exames de imagem realizados no Centro de Imagem Molecular (CIM), do próprio Instituto.

O Centro de Produção de Radiofármacos do InsCer tem área aproximada de 900 m². Nele, ficam localizados os Laboratórios de Produção (que têm equipamentos automatizados dentro de capelas blindadas para a síntese de radiofármacos), de Controle de Qualidade Físico-Químico e de Controle de Qualidade Microbiológico. O CPR ainda abriga um cíclotron, que é o acelerador de partículas responsável pela produção do material radioativo utilizado como matéria-prima para a fabricação de radiofármacos.

O local foi concebido dentro das exigências de Boas Práticas de Fabricação de Medicamentos preconizadas pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa). As exigências da Comissão Nacional de Energia Nuclear também estão contempladas, através de normas específicas que visam a segurança do paciente, dos trabalhadores e do meio ambiente.