O Centro de Produção de Radiofármacos (CPR) está situado no andar térreo do Instituto do Cérebro, e conta com uma área de aproximadamente de 925 metros quadrados. Dentro  do CPR, existe um bunker, com paredes de dois metros de espessura, que abrigam o cíclotron, acelerador de partículas que é capaz de produzir material radioativo utilizado para fins médicos.
Além disso, o CPR conta com os laboratórios de Produção, de Controle de Qualidade Físico-Químico e de Controle de Qualidade Microbiológico. O Laboratório de Produção tem equipamentos automatizados dentro de capelas blindadas para a síntese de radiofármacos.

O local foi concebido dentro das exigências de Boas Práticas de Fabricação de Medicamentos preconizadas pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa). As exigências da  Comissão Nacional de Energia Nuclear também estão contempladas, através de normas específicas que visam a segurança do paciente, dos trabalhadores e do meio ambiente.